Согласно Уставу ФГОУ ВПО «Якутская государственная сельскохозяйственная академия» самостоятельна в реализации профессиональных образовательных программ, подборе и расстановке кадров, научной, финансовой, хозяйственной и иной деятельности, определенной законодательством Российской Федерации и Республики Саха (Якутия).

         В состав академии входят учебные, научные, хозяйственные, производственные, вспомогательные и иные подразделения, обеспечивающие уставную деятельность и развитие вуза, действующие на основании имеющихся для них положений.

В структуре академии 5 факультетов:

                 Агротехнологический, включающий следующие кафедры: коневодства и частной зоотехнии; общей зоотехнии; технологии переработки продуктов животноводства; агрономии; агробиохимии; физического воспитания и ЗОЖ.

                Факультет ветеринарной медицины – кафедры: анатомии и хирургии сельскохозяйственных животных; физиологии сельскохозяйственных животных и экологии; акушерства, патанатомии и ветсанэкспертизы; гигиены и внутренних незаразных болезней сельскохозяйственных животных; паразитологии и эпизоотологии животных.

                Экономический – кафедры: экономики сельского хозяйства; бухгалтерского учета и финансов; кибернетики и высшей математики; философии, истории и социально-экономических наук; языка и культуры; управления и кооперации в АПК.

                Юридический – кафедры: уголовного права и процесса; государственно-правовых дисциплин; гражданского и аграрного права.

                Инженерный факультет – кафедры: энергомеханики; технологии ремонта машин и механизации сельскохозяйственного производства.